תוכנת הבקרה מבוססת על מערכת אנדרואיד ומאמצת תפעול מגע בטאבלט. הממשק פשוט ומסוגנן ותהליך התפעול נוח. זה יכול להקליט אוטומטית את השימוש בכוסות יניקה, להתאים את גובה הריצה של ציר Z, לתמוך במשתמשים לאחסן ולהתקשר לרצפי פעולה מותאמים אישית ולתקשר בזמן אמת בין טאבלטים ומכשירים דרך רשתות אלחוטיות מובנות. תוכנה זו יכולה לשלוט בתחנת העבודה האוטומטית המלאה של העברת נוזלים והאביזרים והציוד המשולבים שלה כדי להשיג העברת נוזלים, הוספת מגיבים, פרופורציה ודילול, או לשלוט באביזרים ובמכשירים משולבים שונים. התוכנה תומכת גם באינטגרציה עם מערכות ניהול מידע ומסדי נתונים חיצוניים, תומכת בהעלאת נתוני תהליכים, יכולה לקרוא מידע נתונים ספציפי ממסד הנתונים, וליצור רצפי פעולה על בסיסו, ובכך להשיג קישורים חלקים עם מכשירים שונים. על ידי לכידה והשוואה עם ה-DNA הסטנדרטי שנקבע מראש, ניתן לחשב את ערך הריכוז של דגימת ה-DNA שנבדקה.
תחנת העבודה 8-ערוץ פיפטה יכולה לשלב אביזרים שונים או מכשירים אחרים, להרחיב את הפונקציות של המכשירים ולהפחית במידה ניכרת התערבות ידנית באמצעות תכנות ובקרה של תוכנה, תוך מימוש מלא של אוטומציה מלאה של תהליך הניסוי. ציוד עזר כולל מתנד, ציוד סינון יניקה ואקום, ציוד להפרדת חרוזים מגנטי, קורא צלחות, מכונת שטיפה, מערם צלחות, ציוד בקרת טמפרטורה, ציוד לסריקת ברקוד שפופרות/מיקרופלטות וכו'.